Buzulların ve denizin mavi tonları arasındaki sessizlik, Kuzey Kutbu’nun derinliklerinde bir tehlikenin habercisi olabilir. Kaptan Pengu, ailesi ve dostlarıyla birlikte yaşadığı bu muazzam doğanın hızla değiştiğini gözlemliyor ve bu değişimin etkileri giderek daha belirgin hale geliyor. Doğanın bu kadar hızlı bir şekilde bozulmasına tanık olan Kaptan Pengu, yavru penguenlere çevre bilincini aşılamak ve doğa sevgisini anlatmak için büyük bir çaba sarf etmeye karar verir. Ancak, bir gün, en yakın dostu kutup ayısı Putuk’un eriyen bir buzulun üzerine düşüp denize kapıldığını ve kaybolduğunu öğrenir. Bu haber, Kaptan Pengu’nun dünyasını sarsar ve hemen harekete geçerek Putuk’u aramaya başlar. Ancak, su altındaki karmaşık akıntılar nedeniyle izini kaybeder ve umutsuzluğa kapılır. Tam bu noktada, hayvanlar konseyinden gelen bir mektup, tüm dengeleri değiştirecek bir haber taşır. Mektubun asıl alıcısı Pelik’in kaybolmuş olması nedeniyle mektup yanlışlıkla Kaptan Pengu’ya ulaşır. Mektubu okuyan Kaptan Pengu, hem arkadaşlarını hem de doğayı kurtarmak için büyük bir maceraya atılma kararı alır. Yanına Misket ve Mandalina’yı da alarak, dört cesur dost, tehlikelerle dolu bir yolculuğa çıkarak hem sevdiklerini hem de buzul bölgesini koruma mücadelesine girişirler.